Un salarié vous adresse un arrêt de travail pour maladie. Votre service paie doit répondre à une première question : l'entreprise lui doit-elle une indemnité complémentaire aux indemnités journalières de la sécurité sociale ? La loi la réserve aux salariés qui ont une année d'ancienneté. Voici la règle, ce qu'elle coûte, et ce qu'il faut contrôler à chaque arrêt.
La règle : une année d'ancienneté, appréciée au premier jour d'absence
Tout salarié ayant une année d'ancienneté dans l'entreprise bénéficie, en cas d'absence au travail justifiée par l'incapacité résultant de maladie ou d'accident constaté par certificat médical, d'une indemnité complémentaire à l'allocation journalière de la sécurité sociale (article L. 1226-1 du code du travail).
L'ancienneté prise en compte pour la détermination du droit à l'indemnité complémentaire s'apprécie au premier jour de l'absence (article D. 1226-8). Un salarié qui atteint son année d'ancienneté pendant l'arrêt n'ouvre donc pas droit, pour cet arrêt, à l'indemnité légale.
L'article L. 1226-1 ajoute trois conditions :
- avoir justifié de l'incapacité dans les quarante-huit heures, sauf pour certaines personnes visées par le code de la sécurité sociale ;
- être pris en charge par la sécurité sociale ;
- être soigné en France ou dans un autre État de l'Union européenne ou de l'Espace économique européen.
Le texte exclut de ce régime les salariés travaillant à domicile, les salariés saisonniers, les salariés intermittents et les salariés temporaires.
Ce qui a changé en 2026 : l'exclusion en cas de fraude avérée
Depuis le 27 juin 2026, l'article L. 1226-1, modifié par l'article 20 de la loi n° 2026-534 du 25 juin 2026, prévoit que l'indemnité complémentaire ne s'applique pas en cas de fraude avérée du salarié afin d'obtenir le versement des indemnités journalières, dont l'employeur a été informé en application du code de la sécurité sociale.
La condition est stricte. Un simple doute sur la réalité de l'arrêt ne suffit pas. Il faut une fraude avérée et une information de l'employeur dans le cadre prévu par le code de la sécurité sociale. En dehors de cette hypothèse, l'outil de l'employeur reste la contre-visite médicale, que l'article L. 1226-1 mentionne expressément.
Ce que l'indemnité coûte à l'entreprise
Le taux
L'indemnité complémentaire est calculée ainsi (article D. 1226-1) :
- pendant les trente premiers jours, 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue s'il avait continué à travailler ;
- pendant les trente jours suivants, deux tiers de cette même rémunération.
La rémunération à prendre en considération est celle correspondant à l'horaire pratiqué pendant l'absence du salarié dans l'établissement ou la partie d'établissement (article D. 1226-7).
Ce qui vient en déduction
L'entreprise ne verse pas 90 % en plus des indemnités journalières. Sont déduites de l'indemnité complémentaire les allocations que le salarié perçoit de la sécurité sociale et des régimes complémentaires de prévoyance, en ne retenant dans ce dernier cas que la part des prestations résultant des versements de l'employeur (article D. 1226-5). Le coût réel est donc le différentiel entre le niveau garanti et ce que le salarié perçoit déjà.
La durée, qui augmente avec l'ancienneté
Les durées d'indemnisation sont augmentées de dix jours par période entière de cinq ans d'ancienneté en plus de l'année requise, sans que chacune d'elles puisse dépasser quatre-vingt-dix jours (article D. 1226-2). Plus le salarié est ancien, plus la période garantie est longue.
Le délai d'attente de sept jours
Lors de chaque arrêt de travail, les durées d'indemnisation courent à compter du premier jour d'absence si celle-ci est consécutive à un accident du travail ou à une maladie professionnelle, à l'exclusion des accidents de trajet. Dans tous les autres cas, le délai d'indemnisation court au-delà de sept jours d'absence (article D. 1226-3).
Pour une maladie ordinaire, l'indemnité légale ne joue donc qu'à partir du huitième jour. Un arrêt court peut ne rien coûter au titre du régime légal.
Le compteur sur douze mois
Pour le calcul des indemnités dues au titre d'une période de paie, il est tenu compte des indemnités déjà perçues par le salarié durant les douze mois antérieurs. Si plusieurs absences pour maladie ou accident ont été indemnisées au cours de ces douze mois, leur durée totale d'indemnisation ne peut pas dépasser la durée maximale à laquelle le salarié a droit selon son ancienneté (article D. 1226-4). Chaque nouvel arrêt se calcule donc au regard des arrêts précédents.
Ce qu'il faut faire à chaque arrêt
Vérifier l'ancienneté au premier jour d'absence. Comptez à partir de la date d'entrée et arrêtez le calcul au premier jour de l'arrêt, pas à la date de traitement de la paie.
Vérifier les conditions de l'article L. 1226-1. Justification dans les quarante-huit heures, prise en charge par la sécurité sociale, lieu des soins. Conservez la trace de la date de réception de l'arrêt.
Appliquer le bon point de départ. Premier jour pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, hors accident de trajet ; au-delà de sept jours d'absence dans les autres cas.
Tenir le compteur sur douze mois glissants. C'est lui qui détermine combien de jours restent indemnisables au taux de 90 %, puis aux deux tiers.
Déduire ce qui doit l'être. Indemnités journalières, et part des prestations de prévoyance financée par l'employeur.
Lire votre convention collective. Le régime légal est un minimum. Une convention collective ou un accord de prévoyance peut prévoir une condition d'ancienneté plus courte, un délai d'attente réduit ou un taux supérieur : c'est alors cette garantie, plus favorable au salarié, que la paie doit appliquer. Pour retrouver les dispositions de votre branche : Dairia IA, https://www.dairia.ai/conventions/.
Les erreurs qui coûtent
Refuser l'indemnité en raisonnant sur la date de paie. L'ancienneté se fige au premier jour d'absence, ni avant, ni après.
Appliquer le délai de sept jours à un accident du travail. Pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, hors accident de trajet, l'indemnisation court dès le premier jour d'absence.
Oublier le cumul des arrêts sur douze mois. Un compteur remis à zéro à chaque arrêt fait payer des jours que le régime légal ne prévoit pas ; un compteur mal tenu peut aussi priver le salarié de jours dus.
Suspendre l'indemnité sur un simple soupçon. L'exclusion introduite en 2026 vise une fraude avérée dont l'employeur a été informé dans le cadre légal. Un retrait décidé sans ces conditions expose l'entreprise à un rappel de salaire.
Votre contrôle en trois questions
Le salarié avait-il une année d'ancienneté au premier jour de l'arrêt ? L'arrêt relève-t-il d'un accident du travail ou d'une maladie professionnelle, ou d'une autre cause ? Combien de jours ont déjà été indemnisés sur les douze derniers mois ?
Accident du travail ou maladie professionnelle : voir GérerMesATMP (https://gerermesatmp.com). Litige sur un maintien de salaire : le cabinet DAIRIA Avocats intervient en droit du travail, côté employeur.